La diferencia clave entre contig y scaffold es que un contig no tiene espacios, mientras que un scaffold consta de contigs y espacios.
La secuenciación del genoma de organismos multicelulares es muy difícil en comparación con la secuenciación de organismos unicelulares. La secuenciación de escopeta del genoma completo es una técnica de secuenciación del genoma fácil y rápida para genomas multicelulares. Es un método que secuencia muchos fragmentos de ADN superpuestos en paralelo. En este método, los fragmentos pequeños se ensamblan en fragmentos más grandes y luego en contigs más grandes usando una computadora. Luego, los contigs se ensamblan en andamios y finalmente en un cromosoma. Por lo tanto, contig es un tramo continuo de secuencias de nucleótidos, mientras que scaffold es una porción del genoma que consta de contigs y gaps. Tanto contig como scaffold son secuencias genómicas reconstruidas.
¿Qué es Contig?
Contig es una secuencia genómica. Es un tramo continuo de secuencias compuestas de bases A, C, G y T. Se forma juntando varios pedacitos superpuestos de ADN en una secuencia más larga. En palabras simples, contig es un ensamblaje de un conjunto de fragmentos de secuencia. La creación de contig implica la identificación de fragmentos de secuencias superpuestas en función de métodos locales de coincidencia y alineación de cadenas que identifican los extremos superpuestos de las secuencias.
Los contigs no tienen huecos. Es una parte de un andamio. Los contigs se encadenan juntos al crear un andamio. Requiere información adicional sobre la posición relativa y la orientación de los cóntigos en el genoma. Los huecos separan contigs en un andamio. Básicamente, el ensamblaje de contig es un paso importante en la secuenciación de escopeta de todo el genoma. Los contigs se ensamblan finalmente en una secuencia genómica completa. El ensamblaje de Contig generalmente requiere la comprensión de algoritmos en la coincidencia de cadenas y la alineación de secuencias.
¿Qué es un andamio?
Un andamio es una secuencia genómica reconstruida a partir de clones de escopeta del genoma completo secuenciados al final. Estructuralmente, un andamio consta de contigs y gaps. Por lo tanto, los andamios se crean encadenando contigs y separándolos por huecos. La creación de andamios necesita información sobre la posición relativa y la orientación de los cóntigos en el genoma. El ensamblaje de escopeta de genoma completo tiene como objetivo representar cada secuencia genómica en un andamio. Pero, no es del todo posible. Por lo tanto, un cromosoma puede estar representado por varios andamios. A veces, los andamios pueden superponerse. Además, algunos andamios se pueden filtrar durante el montaje.
Figura 02: Descripción general del ensamblaje de escopeta de genoma completo
La longitud de un espacio de andamio no muestra su verdadera longitud. En general, los espacios se establecen arbitrariamente en ciertas longitudes fijas. Por lo tanto, estos vacíos e incertidumbres en sus longitudes crean problemas para comprender las verdaderas relaciones espaciales de los elementos funcionales en los genomas y el alcance real de la información f altante. A veces, las brechas representan información genómica f altante.
¿Cuáles son las similitudes entre Contig y Scaffold?
- Contig y scaffold son secuencias genómicas compuestas por secuencias de nucleótidos.
- Los andamios se componen de contigs y gaps.
¿Cuál es la diferencia entre Contig y Scaffold?
Un contig es una secuencia continua ensamblada a partir de un conjunto de fragmentos de secuencia. Por el contrario, un andamio es una parte de la secuencia genómica reconstruida encadenando cóntigos. Entonces, esta es la diferencia clave entre contig y andamio. Además, los contigs no tienen espacios, mientras que los contigs en un andamio están separados por espacios.
La siguiente infografía tabula más diferencias entre contig y scaffold.
Resumen: Contig vs Scaffold
Tanto contig como scaffold son secuencias de nucleótidos reconstruidas en proyectos de secuenciación del genoma completo. Contig es un tramo continuo de secuencia genómica que contiene bases A, C, G y T sin espacios. El andamio es una secuencia genómica que consta de contigs y gaps. Por lo tanto, los componentes de ensamblaje más cortos son contigs, mientras que los andamios son ensamblajes de contigs. Finalmente, los andamios se ensamblan en cromosomas en la secuenciación del genoma completo. Por lo tanto, esto resume la diferencia entre contig y scaffold.
