Diferencia clave: traducción de Nick frente a extensión de Primer
La traducción de Nick y la extensión del cebador son dos técnicas importantes realizadas en biología molecular. La diferencia clave entre la traducción de mella y la extensión de cebador es que el proceso de traducción de mella produce sondas marcadas para otras técnicas de hibridación, mientras que el método de extensión de cebador identifica una secuencia de ARN específica de una mezcla y revela información sobre la expresión de ARNm. Ambas técnicas tienen una gran importancia y se realizan de forma rutinaria en los laboratorios de investigación molecular.
¿Qué es la traducción de Nick?
La traducción de Nick es una técnica importante que se utiliza para preparar sondas marcadas para diversas técnicas de biología molecular, como transferencia, hibridación in situ, hibridación in situ fluorescente, etc. Es un método in vitro de marcaje de ADN. Las sondas de ADN se utilizan para identificar secuencias específicas de ADN o ARN. Con la ayuda de una sonda marcada, se pueden marcar o visualizar fragmentos específicos de una mezcla compleja de ácido nucleico. Por lo tanto, las sondas marcadas se preparan utilizando diversas técnicas para su uso en diferentes técnicas. La traducción de Nick es uno de esos métodos que produce sondas marcadas con la ayuda de las enzimas ADNasa 1 y ADN polimerasa 1.
El proceso de traducción del nick comienza con la actividad de la enzima ADNasa 1. La ADNasa 1 introduce mellas en el esqueleto de fosfato del ADN de doble cadena al romper los enlaces fosfodiéster entre los nucleótidos. Una vez que se crea la muesca, se liberará el grupo OH 3 'del nucleótido y la enzima ADN polimerasa 1 actuará sobre él. La actividad de exonucleasa 5' a 3' de la ADN polimerasa 1 elimina los nucleótidos de la muesca hacia la dirección 3' de la hebra de ADN. Simultáneamente, la actividad polimerasa de la enzima ADN polimerasa 1 funciona y agrega nucleótidos para reemplazar los nucleótidos eliminados. Si los nucleótidos estaban marcados, el reemplazo se producirá por los nucleótidos marcados y marcará el ADN para su identificación. Este ADN marcado recién sintetizado se puede utilizar como sonda en diversas reacciones de hibridación en biología molecular.
Figura 01: Proceso de traducción de Nick
¿Qué es Primer Extension?
Primer extension es una técnica que se utiliza para encontrar una secuencia de ARN específica de una mezcla de ARN y ubicar el extremo 5' de la transcripción de ARNm. También se utiliza para estudiar la estructura del ARN y su expresión. El método de extensión de cebadores se lleva a cabo con cebadores marcados o con nucleótidos marcados. Si se utilizan cebadores marcados, se excluye la necesidad de marcar los nucleótidos que se utilizan para la síntesis de ADNc. Hay varios pasos en esta técnica. Comienza con la extracción de ARN de la muestra. Luego, se agrega a la mezcla un cebador de oligonucleótido marcado junto con los ingredientes necesarios para sintetizar el ADNc de una secuencia de ARN específica. El cebador se hibrida con la secuencia complementaria de la mezcla. Utilizando la secuencia de apareamiento del cebador como plantilla, la enzima transcriptasa inversa sintetiza el ADN complementario (ADNc) de la secuencia de ARN. El recocido de cebadores y la transcripción inversa ocurren solo cuando la secuencia de ARN específica está presente en la muestra. Finalmente, cuando se realiza la electroforesis en gel desnaturalizante, se puede determinar el tamaño de la secuencia de ARN. También es fácil encontrar la base +1 de la secuencia del ARNm (sitio de iniciación de la transcripción) mediante el método de extensión del cebador. La cantidad de ARNm presente en la muestra se puede cuantificar mediante este método si se utiliza un cebador en exceso.
Figura 02: Extensión del cebador
¿Cuál es la diferencia entre Nick Translation y Primer Extension?
Traducción de Nick frente a extensión de Primer |
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| La traducción de Nick es un proceso que crea sondas de ADN marcadas para diversas reacciones de hibridación. | La extensión de cebadores es una técnica utilizada para encontrar ARN específico o para estudiar la expresión génica. |
| Enzimas utilizadas | |
| Se utilizan enzimas ADNasa 1 y ADN polimerasa. | Se utiliza la enzima transcriptasa inversa. |
| Importancia | |
| La traducción de Nick facilita el marcado de una secuencia de ADN específica. | La extensión de cebador permite la detección de un tamaño de secuencia de ARNm específico y la cantidad presente en la muestra. |
Resumen: traducción de Nick frente a extensión de Primer
La traducción de Nick es un método utilizado para sintetizar sondas marcadas en función de las actividades de las enzimas ADNasa 1 y ADN polimerasa 1 de E. coli. Es un método in vitro empleado en los laboratorios previo a diferentes técnicas de hibridación. Durante la traducción de la muesca, la actividad de exonucleasa 5'-3' de la ADN polimerasa 1 elimina los nucleótidos antes de la muesca y la actividad polimerasa de la ADN polimerasa 1 reemplaza los nucleótidos eliminados con nucleótidos marcados detrás de la muesca. La extensión de cebadores es un método que se utiliza para detectar un transcrito de ARN específico de una mezcla y cuantificar el tamaño y la cantidad del ARN de interés. Esta es la diferencia entre la traducción de nick y la extensión de cartilla.
