Diferencia clave: RAPD frente a RFLP
Los marcadores genéticos se utilizan en biología molecular para identificar variaciones genéticas entre individuos y especies. El ADN polimórfico amplificado al azar (RAPD) y el polimorfismo de longitud de fragmentos de restricción (RFLP) son dos marcadores moleculares importantes que se utilizan habitualmente en los laboratorios. RAPD se realiza con cebadores de oligonucleótidos cortos y arbitrarios, y se basa en la amplificación aleatoria de las múltiples ubicaciones a lo largo de la plantilla de ADN del organismo. RFLP se realiza con una endonucleasa de restricción específica y se basa en el polimorfismo de los fragmentos de restricción resultantes y la hibridación. La diferencia clave entre RAPL y RFLP es que RAPD es un tipo de técnica de PCR que se realiza sin el conocimiento previo de la secuencia, mientras que RFLP no está involucrado en la PCR y requiere un conocimiento previo de la secuencia para llevar a cabo la técnica.
¿Qué es RAPD?
RAPD es un marcador molecular útil en biología molecular. Es una técnica rápida y fácil. RAPD se puede definir como un método que da como resultado secuencias de ADN polimórficas como resultado de la amplificación aleatoria de múltiples ubicaciones de la plantilla de ADN objetivo. RAPD utiliza cebadores de oligonucleótidos cortos con secuencias arbitrarias para la amplificación por PCR. Los cebadores se sintetizan artificialmente sin el conocimiento previo de la secuencia. Por lo tanto, se considera una técnica fácil y útil.
Los siguientes pasos principales están involucrados en RAPD.
- Extracción del ADN diana
- Amplificación de las múltiples ubicaciones del ADN diana utilizando cebadores elegidos al azar
- Electroforesis en gel de los productos PCR amplificados
- Tinción con bromuro de etidio e identificación del polimorfismo
Como resultado de la variación en el recocido del cebador, se generan diferentes fragmentos con diferentes longitudes durante la amplificación. Por lo tanto, los patrones de bandas en los geles son diferentes entre individuos y especies. Por lo tanto, RAPD permite la detección de la variación genética entre organismos en la identificación y diferenciación.
RAPD se aplica en varios estudios de biología molecular, como la identificación de la diferencia genética entre especies estrechamente relacionadas, mapeo de genes, huellas dactilares de ADN, identificación de enfermedades hereditarias, etc.
Figura 01: RAPD
¿Qué es RFLP?
Los polimorfismos de longitud de fragmentos de restricción (RFLP) son un marcador molecular utilizado en biología molecular para la identificación de variaciones genéticas en secuencias homólogas de ADN. Es el primer marcador genético desarrollado para la toma de huellas dactilares de ADN. Todos los organismos producen perfiles de ADN únicos cuando se restringen con enzimas de restricción específicas. RFLP sirve como una herramienta importante en la producción de perfiles de ADN únicos de individuos y la detección de variaciones genéticas entre ellos. Cuando las muestras de ADN se digieren con endonucleasas de restricción específicas, se obtienen diferentes perfiles de ADN que son únicos para cada individuo. Por lo tanto, el principio de este método es la detección de la variación genética entre organismos al restringir el ADN homólogo con enzimas de restricción específicas y el análisis del polimorfismo de la longitud del fragmento mediante electroforesis en gel y transferencia. Los patrones de transferencia son únicos para cada organismo y caracterizan los genotipos específicos.
Los siguientes pasos están relacionados con RFLP.
- Aislamiento de una cantidad suficiente de ADN de las muestras
- Fragmentación de muestras de ADN con endonucleasas de restricción específicas en secuencias cortas
- Separación de los fragmentos resultantes con diferentes longitudes mediante electroforesis en gel de agarosa.
- Transferencia del perfil de gel a una membrana mediante transferencia Southern
- Hibridación de la membrana con sondas marcadas y análisis del polimorfismo de longitud de fragmentos en cada perfil
RFLP tiene diversas aplicaciones como diagnóstico de enfermedades hereditarias, mapeo del genoma, identificación criminal en estudios forenses, pruebas de paternidad, etc.
Figura 02: genotipificación RFLP
¿Cuál es la diferencia entre RAPD y RFLP?
RAPD frente a RFLP |
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| RAPD es un marcador molecular basado en cebadores aleatorios y PCR. | RFLP es un marcador molecular basado en la producción de fragmentos de restricción de diferente longitud. |
| Muestra requerida | |
| Las muestras pequeñas de ADN son suficientes para el análisis RAPD. | Se requiere una gran cantidad de muestra de ADN extraída para el análisis RFLP. |
| Tiempo | |
| RAPD es un proceso rápido. | RFLP es un proceso lento. |
| Uso de imprimación | |
| Se usan cebadores aleatorios y se pueden usar los mismos cebadores para diferentes especies. | Las sondas específicas de especie se utilizan en RFLP para la hibridación. |
| Fiabilidad | |
| La fiabilidad de la técnica es menor en comparación con RFLP. | RFLP es una técnica fiable. |
| Blotting | |
| RAPD implica transferencia del sur. | La transferencia Southern es un paso de RFLP. |
| Detección de variación alélica | |
| Las variaciones alélicas no pueden ser detectadas por RAPD. | Las variaciones alélicas pueden detectarse mediante RFLP. |
| Necesidad de conocimiento de secuencias | |
| RAPD no requiere conocimientos previos de secuencias. | Se requieren conocimientos previos de secuencias para el diseño de la sonda. |
| RCP | |
| PCR está relacionado con RAPD | PCR no está relacionado con RFLP. |
| Reproducibilidad | |
| RAPD tiene una baja reproducibilidad | RFLP tiene una alta reproducibilidad en comparación con RAPD. |
Resumen: RAPD frente a RFLP
RAPD y RFLP son marcadores importantes utilizados en biología molecular. Ambos métodos son capaces de detectar variaciones genéticas entre organismos. RAPD se realiza utilizando cebadores aleatorios. RFLP se realiza utilizando enzimas de restricción específicas. Ambos métodos producen perfiles de ADN únicos para organismos individuales. RAPD está involucrado comparativamente pocos pasos que RFLP. Pero produce resultados menos confiables y reproducibles que RFLP. Esta es la principal diferencia entre RAPD y RFLP.
