Diferencia clave: SYBR Green vs Taqman
SYBR Green y Taqman son dos métodos empleados para detectar o observar el proceso de amplificación de la PCR en tiempo real. SYBR Green es un método basado en la intercalación de tintes de tinción de ácidos nucleicos, mientras que Taqman es un método basado en una sonda de hidrólisis. Ambas tecnologías están diseñadas para generar fluorescencia durante la PCR, lo que permite que la máquina de PCR en tiempo real controle la reacción en "tiempo real". El método SYBR Green se lleva a cabo utilizando un tinte fluorescente llamado SYBR green y detecta la amplificación uniendo el tinte al ADN de doble cadena producido. Taqman se lleva a cabo utilizando sondas de doble marca y detecta la amplificación por degradación de la sonda por Taq polimerasa y liberación del fluoróforo. Esta es la diferencia clave entre SYBR Green y Taqman.
¿Qué es SYBR Green?
SYBR Green es un colorante fluorescente que se utiliza para teñir los ácidos nucleicos, especialmente el ADN de doble cadena en biología molecular. El método SYBR Green se utiliza para cuantificar los productos de PCR durante la PCR en tiempo real. Una vez que se une al ADN, el complejo ADN-tinte resultante absorbe la luz azul y emite una luz verde intensa. Ocurre debido al cambio estructural que ocurre en la molécula del tinte al unirse con el ADN de doble cadena. Cuando la PCR crea más y más ADN, más moléculas de colorante se unen al ADN, generando más fluorescencia. Por lo tanto, la fluorescencia aumenta con la acumulación del producto de PCR. Por lo tanto, la cantidad de producto de PCR se puede medir cuantitativamente mediante la detección de fluorescencia verde SYBR.
El tinte verde SYBR también se puede utilizar para el marcaje de ADN en citometría y microscopía fluorescente. El bromuro de etidio ha sido reemplazado con éxito por SYBR Green ya que el bromuro de etidio es un colorante cancerígeno con problemas de eliminación durante la visualización del ADN en la electroforesis en gel.
Hay ventajas y desventajas del método verde SYBR. Este método es muy sensible, económico y fácil de usar. Sin embargo, debido a su capacidad para unirse a cualquier ADN de doble cadena, la unión no específica puede dar lugar a una cuantificación excesiva del producto de la PCR.
Figura 01: Técnica SYBR Green
¿Qué es Taqman?
Taqman es un método alternativo a SYBR Green para monitorear el proceso de PCR en tiempo real. Este método depende de la actividad exonucleasa 5' - 3' de la enzima Taq polimerasa para degradar las sondas durante la extensión de la nueva hebra y la liberación del fluoróforo. En este método se utilizan sondas de doble marcaje y se basa en la hidrólisis de las sondas. Las sondas son oligonucleótidos de ADN marcados con fluorescencia que tienen una molécula indicadora fluorescente (fluoróforo) en el extremo 5' y una molécula extintora en el extremo 3'. Están diseñados para unirse a la plantilla monocatenaria en el lado opuesto de los recocidos del cebador. La polimerasa Taq agrega nucleótidos al cebador y extiende la nueva hebra hacia las sondas con doble marcaje. Una vez que la polimerasa Taq se encuentra con la sonda, la acción exonucleasa de la polimerasa Taq activa y degrada la sonda. Una vez que completa la síntesis de la nueva hebra, la sonda se somete a una degradación completa y libera el fluoróforo. La liberación de fluoróforo genera fluorescencia. La molécula Fluorescent Quencher apaga eficientemente la luz emitida y crea la salida para la cuantificación del producto de PCR. La liberación de fluoróforos y la cantidad de productos de PCR son proporcionales. Por lo tanto, la cuantificación se puede realizar fácilmente mediante el método Taqman.
Figura 02: Método Taqman
El método Taqman se utiliza en la PCR en tiempo real, la cuantificación de la expresión génica, la detección de polimorfismos genéticos, la cuantificación de las deleciones del ADN cromosómico, la identificación bacteriana, la verificación del análisis de micromatrices, el genotipado de SNP, etc.
¿Cuál es la diferencia entre SYBR green y Taqman?
SYBR Green contra Taqman |
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| SYBR Green se basa en un tinte de unión al ADN. | Taqman depende de las sondas de hibridación y de la actividad exonucleasa de 5' a 3' de la polimerasa Taq. |
| Sondas etiquetadas con fluorescencia | |
| No se requieren sondas marcadas con fluorescencia. | Se requieren sondas con doble etiqueta. |
| Análisis de genes multiplex | |
| No se puede utilizar para dianas genéticas multiplexadas. | Se puede utilizar para objetivos genéticos multiplexados. |
| Coste | |
| Esto es menos costoso. | Esto es más caro. |
| Especificidad | |
| Esto es menos específico y se une con cualquier ADN de doble cadena | Estos son altamente específicos ya que las sondas detectan los productos de amplificación específicos. |
| Eficacia | |
| Esto es menos efectivo. | Esto es muy eficaz. |
| Solicitud | |
| Esto se usa en PCR en tiempo real, visualización en gel de agarosa, marcaje de ADN, etc. | Esto se utiliza en PCR en tiempo real, cuantificación de expresión génica, detección de polimorfismos genéticos, etc. |
Resumen: SYBR Green y Taqman
Taqman y SYBR green son dos métodos empleados en la PCR en tiempo real (PCR cuantitativa). Ambos métodos permiten la cuantificación del producto de PCR de manera eficiente y se basan en la emisión de fluorescencia. El método Taqman utiliza sondas de doble marcaje para la detección del ADN acumulado, mientras que el método SYBR Green utiliza un colorante fluorescente. Ambos métodos también tienen diferentes aplicaciones en biología molecular.
