La diferencia clave entre BLAST y FastA es que BLAST es una herramienta de alineación básica disponible en el sitio web del Centro Nacional de Información Biotecnológica, mientras que FastA es una herramienta de búsqueda de similitud disponible en el sitio web del Instituto Europeo de Bioinformática.
BLAST y FastA son dos software que se utilizan ampliamente para comparar secuencias biológicas de ADN, aminoácidos, proteínas y nucleótidos de diferentes especies y buscar sus similitudes. Estos algoritmos se escribieron teniendo en cuenta la velocidad. Porque, cuando los científicos pudieron aislar el ADN en el laboratorio a mediados de la década de 1980, surgió la necesidad de comparar y encontrar genes idénticos para futuras investigaciones a gran velocidad. Por lo tanto, estos dos softwares se desarrollaron de manera que el usuario pueda realizar una búsqueda rápida de secuencias similares a las de sus secuencias de consulta.
BLAST es un acrónimo de Herramienta básica de búsqueda de alineación local y utiliza el enfoque localizado para comparar las dos secuencias. FastA es un software que hace referencia a Fast A, donde A significa Todo. Aquí, el software funciona con alfabetos como Fast A para secuenciación de ADN y Fast P para proteínas. Tanto BLAST como FastA son muy rápidos para comparar cualquier base de datos de genomas y, por lo tanto, son muy viables tanto económicamente como ahorrando tiempo.
¿Qué es BLAST?
BLAST es uno de los programas de bioinformática más utilizados que se desarrolló en 1990. Desde entonces, está disponible para todos en el sitio del NCBI. Además, cualquier persona puede acceder a este software y utilizarlo. Además, BLAST es un software que necesita datos de entrada o secuencias en formato FastA. Pero proporciona datos de salida en formato de texto sin formato, HTML o XML. BLAST funciona según el principio de buscar similitudes localizadas entre dos secuencias y hacer una lista corta de las secuencias similares, y después de eso, busca similitudes vecinales.
Figura 01: Resultados BLAST
Por lo tanto, este software busca una gran cantidad de regiones locales similares y da el resultado al alcanzar un valor umbral. Sin embargo, este proceso difiere del software anterior, que primero busca en toda la secuencia y luego hace la comparación y, por lo tanto, lleva mucho tiempo.
Además de la verificación de similitud anterior, BLAST tiene muchos otros usos, como el mapeo de ADN, la comparación de dos genes idénticos en diferentes especies, la creación de un árbol filogenético, etc.
¿Qué es FastA?
FastA es un software de alineación de secuencias de proteínas. David J. Lipman y William R. Pearson describieron este software en 1985. Aunque el uso inicial de este software era comparar solo las secuencias de proteínas, la versión modificada también podía comparar secuencias de ADN. Aquí, este software utiliza el principio de encontrar estadísticamente la similitud entre dos secuencias. Hace coincidir una secuencia de ADN o proteína con otra secuencia mediante el método de alineación de secuencia local.
Figura 02: RápidoA
Sin embargo, busca regiones locales por similitud, pero no por la mejor coincidencia entre dos secuencias. Dado que este software compara similitudes localizadas a veces, también puede encontrar discrepancias. En una secuencia, FastA toma una pequeña parte conocida como k-tuplas, donde las tuplas pueden ser de 1 a 6 y coinciden con las k-tuplas de la otra secuencia. Al final del proceso de emparejamiento, cuando alcanza un valor umbral, produce el resultado.
¿Cuáles son las similitudes entre BLAST y FastA?
- BLAST y FastA son herramientas bioinformáticas que se utilizan para comparar secuencias de proteínas y ADN en busca de similitudes.
- Además, ambos programas utilizan una estrategia de puntuación para hacer comparaciones entre las secuencias.
- Además, ambas herramientas producen resultados muy precisos.
¿Cuál es la diferencia entre BLAST y FastA?
BLAST es una herramienta para comprobar la similitud entre secuencias biológicas. Por otro lado, FastA es otro programa que facilita la comprobación de similitud de secuencias de proteínas y ADN. Sin embargo, en comparación con FastA, el software BLAST es muy popular ya que produce resultados más precisos y rápidos. Por lo tanto, esta es la diferencia entre BLAST y FastA. Además, a diferencia de FastA, el programa BLAST es modificable según la necesidad del usuario. Por lo tanto, esta es otra diferencia entre BLAST y FastA.
La siguiente infografía sobre la diferencia entre BLAST y FastA proporciona más detalles.
Resumen: BLAST vs FastA
BLAST y FastA son dos programas que permiten al usuario comparar su secuencia de consulta con las secuencias de las bases de datos existentes y verificar las similitudes. El propósito inicial de FastA era comparar solo secuencias de proteínas. Sin embargo, la versión modificada de este software facilita las comparaciones de secuencias de proteínas y ADN. Aunque FastA es un buen software, la mayoría de la gente usa la herramienta de alineación BLAST ya que es más popular y produce resultados más precisos y rápidos que FastA. Además, la herramienta BLAST se puede modificar según los requisitos del usuario. En resumen, esto resume la diferencia entre BLAST y FastA.
