Diferencia clave: cebadores de PCR frente a cebadores de secuenciación
Con los desarrollos recientes en el campo de la biología molecular, se desarrollaron diferentes técnicas genéticas que hicieron que los procesos de investigación de las diferentes vías del tema fueran fáciles y precisos. La PCR y otros procedimientos de secuenciación son dos técnicas importantes de este tipo. Utilizan diferentes subcomponentes. Los cebadores se consideran el principal subcomponente común a las técnicas de PCR y secuenciación. Los cebadores de PCR se utilizan para la amplificación de una secuencia de ADN particular, mientras que los cebadores de secuenciación se utilizan en el contexto de la secuenciación de un fragmento de ADN con la intención de revelar su orden específico de la secuencia de nucleótidos. Esta es la diferencia clave entre los cebadores de PCR y los cebadores de secuenciación.
¿Qué son los cebadores de PCR?
La reacción en cadena de la polimerasa (PCR) es una técnica genética que se utiliza en el campo de la biología molecular para amplificar una o varias copias de un segmento de ADN en particular y obtener muchos millones de copias idénticas. En una reacción de PCR, se utilizan diferentes componentes, incluidos los cebadores. Los cebadores son cadenas cortas de ADN con una longitud de nucleótidos de 18-25, lo que las hace compatibles con la región inicial y final de los fragmentos de ADN que se van a amplificar. Los cebadores pueden ser un cebador directo y un cebador inverso. Estos cebadores se unen al fragmento de ADN en los puntos específicos donde hace que la ADN polimerasa se una al cebador específico en el lugar e inicie la síntesis de la nueva hebra de ADN.
La selección de cebadores es un aspecto importante del proceso de PCR. La selección de la longitud de la imprimación es importante. La longitud ideal sería de 18 a 25 nucleótidos. Si la longitud es demasiado corta o demasiado larga, los cebadores no se unirán a la secuencia de ADN para amplificarse con precisión. Los cebadores que son demasiado cortos conducen a la hibridación no específica del cebador en diferentes ubicaciones de la secuencia de ADN.
Figura 01: Cebadores PCR
El contenido de guanina y citosina (GC) en un buen cebador debe estar en el rango de 40-60. La temperatura de recocido de la imprimación y la temperatura de fusión son factores vitales durante la PCR. La temperatura de fusión debe calcularse con precisión y la temperatura de recocido de la imprimación debe ser 5 0C menos que la temperatura de fusión. La temperatura de fusión debe ser de 60 °C y 75 °C. Las temperaturas demasiado altas o demasiado bajas darán como resultado una actividad de ADN polimerasa menos activa.
¿Qué son los cebadores de secuenciación?
Los cebadores de secuenciación se utilizan en el contexto de la secuenciación de un fragmento de ADN con la intención de revelar su identidad específica. Para obtener buenos resultados de secuenciación, son importantes los cebadores y las plantillas de alta calidad. Por lo tanto, cuando se seleccionan los cebadores, deben ser exclusivos de una región particular en la que deseamos secuenciar. También debe estar con una orientación correcta donde las secuencias generalmente se generan desde los extremos 3 'a 5' de los cebadores. La secuencia debe carecer de autohibridación indeseable, como la formación de bucles de horquilla. No debe contener formación consecutiva de bases de guanina.
La temperatura de fusión (Tm) del primer debe ser adecuada para las condiciones de la secuenciación. Por lo tanto, debe estar entre 52oC y 74oC. La preparación de oligonucleótidos que se utilizarán como cebadores debe purificarse para obtener la longitud completa deseada de la secuencia. Si los oligonucleótidos contienen impurezas, la señalización de la secuencia del cebador se superpondrá desde diferentes sitios de cebado y también disminuirá el número de células base.
Figura 02: Cebadores de secuenciación
La temperatura de fusión del cebador (Tm) de un oligonucleótido determina qué tan fuerte se hibridan entre sí las hebras de ADN complementarias. Tm puede considerarse como un cálculo termodinámico en el que depende tanto de las secuencias de ADN como de varias condiciones, como la concentración de sal. La Tm es importante durante la PCR, donde se usa una variante llamada secuenciación del ciclo para producir un grupo de fragmentos terminados en dideoxinucleótido. Aquí, el cebador que se secuencia se recoce inicialmente alternativamente, luego se extiende y finalmente se desnaturaliza para la amplificación. Por lo tanto, el valor de Tm debe estar entre 52oC y 74o C. Los oligonucleótidos sintetizados pueden obtenerse en laboratorios de síntesis de ADN/ARN según elección. La pequeña escala de síntesis que se utiliza para la secuenciación del ADN suele ser de 50 nmol. Además, lo que es más importante, los cebadores utilizados para la secuenciación deben purificarse para que estén libres de impurezas que impidan la reducción de la calidad.
¿Cuáles son las similitudes entre los cebadores de PCR y los cebadores de secuenciación?
- Tanto los cebadores de PCR como los cebadores de secuenciación son cebadores que se utilizan en el proceso de amplificación de una secuencia de ADN específica.
- Tanto los cebadores de PCR como los cebadores de secuenciación están compuestos por nucleótidos.
- Tanto los cebadores de PCR como los cebadores de secuenciación son oligómeros cortos.
¿Cuál es la diferencia entre los cebadores de PCR y los cebadores de secuenciación?
Cabbales de PCR frente a cebadores de secuenciación |
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| Los cebadores de PCR son cadenas cortas de ADN con una longitud de secuencia de nucleótidos de 18 a 25, lo que las hace compatibles con la región inicial y final de los fragmentos de ADN que se van a amplificar. | Los cebadores de secuenciación son oligómeros cortos que se utilizan en el contexto de la secuenciación de un fragmento de ADN con la intención de revelar su identidad específica. |
| Función | |
| Los cebadores de PCR se utilizan para la amplificación de una secuencia de ADN particular. | Los cebadores de secuenciación se utilizan en el contexto de la secuenciación de un fragmento de ADN con la intención de revelar su identidad específica. |
| Número de cebadores necesarios | |
| Dos cebadores; Se utilizan un cebador directo y un cebador inverso como cebadores de PCR. | Solo se necesita un cebador como cebador de secuenciación. |
Resumen: cebadores de PCR frente a cebadores de secuenciación
Los cebadores de secuenciación se utilizan en el contexto de la secuenciación de un fragmento de ADN con la intención de revelar su identidad específica. Una cartilla de secuenciación será suficiente para ejecutar el proceso. Para obtener buenos resultados de secuenciación, son importantes los cebadores y las plantillas de alta calidad. Por lo tanto, cuando se seleccionan los cebadores, deben ser exclusivos de una región particular en la que deseamos secuenciar. Los cebadores de PCR son cadenas cortas de ADN con una longitud de nucleótidos de 18-25 que es compatible con la región inicial y final de los fragmentos de ADN que se van a amplificar. Los cebadores de PCR pueden ser un cebador directo y un cebador inverso. El contenido de guanina y citosina (GC) en un buen cebador debe estar en el rango de 40-60. La temperatura de recocido de la imprimación y la temperatura de fusión son aspectos vitales durante la PCR. Esta es la diferencia entre los cebadores de PCR y los cebadores de secuenciación.
