La diferencia clave entre la secuenciación aleatoria y la secuenciación de próxima generación es que la secuenciación instantánea es un método de secuenciación que divide aleatoriamente las secuencias de ADN en muchos fragmentos pequeños y vuelve a ensamblar la secuencia observando las regiones superpuestas mientras que la secuenciación de próxima generación (NGS) es un método avanzado de secuenciación genética que depende de la electroforesis capilar.
La secuenciación es el proceso que determina el orden preciso de los nucleótidos en un gen, un grupo de genes, un cromosoma y un genoma completo. Es muy importante en estudios genómicos, estudios forenses, virología, sistemática biológica, diagnóstico médico, biotecnología y en muchos otros campos para analizar la estructura y función de los genes y la identificación de organismos. Además, existen diferentes tipos de métodos de secuenciación disponibles. Shotgun Sequencing y Next Generation Sequencing son dos métodos avanzados entre ellos.
¿Qué es la secuencia de escopeta?
La secuenciación instantánea es un método de secuenciación que divide aleatoriamente las secuencias de ADN del cromosoma completo o del genoma completo en muchos fragmentos pequeños y vuelve a ensamblar las secuencias mediante computadoras mediante la observación de secuencias o regiones superpuestas. En general, los genomas de los mamíferos son estructuralmente complejos y de mayor tamaño. Por lo tanto, son difíciles de secuenciar mediante clonación, ya que requiere mucho tiempo. La secuenciación de escopeta es un método más rápido. También es más barato de llevar a cabo. Por lo tanto, los científicos modernos confían en el método de secuenciación de escopeta para abordar genomas complejos.
Figura 01: Secuencia de escopeta
El procedimiento de secuenciación de escopeta es comparativamente simple. Comienza con la fragmentación de todo el genoma en diferentes tamaños, desde bases de 20 kilos hasta bases de 300 kilos. Luego, todos y cada uno de los fragmentos deben secuenciarse utilizando el método de terminación de cadena. Después de la secuenciación, es necesario ensamblar los fragmentos observando las regiones superpuestas utilizando un software informático sofisticado. El mapeo convencional y la clonación de secuencias no son necesarios para este método. Además, el uso del mapa genético no tiene lugar en este método. Sin embargo, dado que no se utilizan los mapas del genoma existentes, es más probable que se produzcan errores durante el ensamblaje. Es una de las principales desventajas de este método. Además, los fragmentos más cortos proporcionan información menos exclusiva para cada lectura en este método. Además, la secuenciación aleatoria no produce suficientes datos para determinar una secuencia de consenso con el estándar de precisión requerido.
A pesar de tener los inconvenientes mencionados anteriormente, el método de secuenciación de escopeta es actualmente la estrategia más eficiente y rentable para secuenciar genomas microbianos, incluidas bacterias, virus y levaduras. Es porque sus genomas carecen de regiones repetitivas que son difíciles de secuenciar, y es posible ensamblar estos genomas fácilmente en cromosomas sin errores.
¿Qué es la secuenciación de próxima generación?
Next Generation Sequencing (NGS) es un término utilizado para referirse a los procesos modernos de secuenciación de alto rendimiento. Describe una serie de diferentes tecnologías modernas de secuenciación que revolucionaron los estudios genómicos y la biología molecular. Estas técnicas incluyen la secuenciación Illumina, la secuenciación Roche 454, la secuenciación Ion Proton y la secuenciación SOLiD (secuenciación por detección de ligadura de oligo). Los sistemas NGS son más rápidos y económicos. En los sistemas NGS se utilizan cuatro métodos principales de secuenciación de ADN: pirosecuenciación, secuenciación por síntesis, secuenciación por ligación y secuenciación de iones semiconductores. Una gran cantidad de cadenas de ADN o ARN (millones) se pueden secuenciar en paralelo mediante NGS. Permite la secuenciación de todo el genoma de los organismos en un corto período de tiempo.
Figura 02: Secuenciación de próxima generación
NGS tiene diferentes ventajas. Es un proceso de alta velocidad, más preciso y rentable que se puede realizar con un tamaño de muestra pequeño. Por lo tanto, permite el análisis de todo el genoma humano en un único experimento de secuenciación. Además, NGS se puede utilizar en estudios metagenómicos, en la detección de variaciones dentro de un genoma individual debido a inserciones y deleciones, etc., y en el análisis de expresiones génicas. Además, NGS puede analizar transcriptomas completos de una gran cantidad de tejidos simultáneamente. Por lo tanto, NGS ha revolucionado el análisis de transcriptomas.
¿Cuáles son las similitudes entre la secuenciación de escopeta y la secuenciación de próxima generación?
- La secuenciación instantánea y la secuenciación de próxima generación son dos métodos de secuenciación del genoma.
- Ambos métodos son métodos rápidos.
- Además, son métodos rentables.
- Son capaces de secuenciar muchos fragmentos de ADN en paralelo.
¿Cuál es la diferencia entre la secuenciación instantánea y la secuenciación de próxima generación?
La secuenciación instantánea y la secuenciación de última generación son dos técnicas de secuenciación avanzadas. El método de secuenciación de escopeta rompe aleatoriamente las secuencias de ADN del cromosoma completo o del genoma completo en muchos fragmentos pequeños y vuelve a ensamblar las secuencias mediante computadoras mediante la observación de secuencias o regiones superpuestas. Por el contrario, la secuenciación de próxima generación (NGS) es un término que se refiere a los procesos modernos de secuenciación de alto rendimiento. Entonces, esta es la diferencia clave entre la secuenciación de escopeta y la secuenciación de próxima generación. Además, la secuenciación de próxima generación es una técnica que depende de la electroforesis capilar, mientras que la secuenciación de escopeta no depende. Por lo tanto, esta también es una diferencia entre la secuenciación de escopeta y la secuenciación de próxima generación. Además, en comparación con la secuenciación instantánea, la secuenciación de última generación es muy sensible y precisa.
Resumen: secuenciación de escopeta frente a secuenciación de próxima generación
La secuenciación instantánea y la secuenciación de próxima generación son dos métodos de secuenciación utilizados en la secuenciación del genoma. Ambos métodos son métodos rápidos y rentables. NGS funciona según el principio de secuenciar millones de secuencias simultáneamente de forma rápida a través de un sistema de secuenciación. Por el contrario, la secuenciación de escopeta requiere romper los genomas en pequeños fragmentos y secuenciar y volver a ensamblar utilizando secuencias superpuestas. Entonces, esto resume la diferencia entre la secuenciación instantánea y la secuenciación de próxima generación.
