La diferencia clave entre los cebadores aleatorios y el oligo dT es que el cebador aleatorio es una mezcla de todas las posibles secuencias de oligonucleótidos hexámeros, mientras que el cebador oligo dT consiste en un tramo monocatenario de 12 a 18 desoxitimidinas.
La transcripción inversa es un mecanismo mediante el cual se puede sintetizar ADNc utilizando ARNm o cualquier especie de ARN. Para producir ADNc, se debe proporcionar la enzima transcriptasa inversa y otros componentes necesarios, especialmente la plantilla y los cebadores. Los cebadores son las secuencias cortas de ADN diseñadas específicamente para la amplificación de las secuencias diana. Los cebadores aleatorios y los cebadores oligo dT son dos tipos comunes de cebadores utilizados en la transcripción inversa. Por lo tanto, el cebador aleatorio o el cebador oligo dT son secuencias de oligonucleótidos de ADN cortas necesarias para que la transcriptasa inversa inicie la transcripción inversa. Dependiendo de la plantilla de ARN, se puede seleccionar el cebador adecuado entre estos dos tipos de cebadores.
¿Qué son los cebadores aleatorios?
El cebador aleatorio es una mezcla de oligonucleótidos que representan todas las secuencias de hexámeros posibles. La secuencia del cebador del cebador aleatorio es 5´ – d (NNNNNN) –3´ N=G, A, T o C. Por lo tanto, los cebadores aleatorios se pueden usar para la amplificación de ADN o ARN monocatenario mediante ADN polimerasa o transcriptasa inversa. respectivamente. Además, la mezcla de cebadores aleatorios es capaz de amplificar todas las regiones del ARN para generar ADNc. Por lo tanto, produce varias longitudes de ADNc.
Figura 01: Primers aleatorios
Lo más importante es que la mezcla de cebadores aleatorios no muestra especificidad de plantilla. Es incapaz de distinguir el ARNm de otras especies de ARN. Y se hibrida con cualquier especie de ARN en la muestra. Sin embargo, la mezcla de cebadores aleatorios es adecuada para la transcripción inversa de ARN sin colas de poli(A), como ARNr, ARNt, ARN no codificantes, ARN pequeños, ARNm procariótico, etc., ARN degradado y ARN con estructuras secundarias conocidas.
¿Qué es Oligo dT?
La imprimación Oligo dT es una extensión de 12 a 18 desoxitimina (dT). La secuencia del cebador se puede representar como 5´-d (TTT TTT TTT TTT TTT TTT)-3. Se utiliza para la producción de ADNc a partir de ARNm que contiene cola poli(A). Básicamente, actúa como cebador de la reacción catalizada por la transcriptasa inversa. Durante la transcripción inversa, el cebador oligo dT se hibrida con la cola poliadenilada que se encuentra en el extremo 3´ de la mayoría de los ARNm eucarióticos y comienza el proceso.
Figura 02: Transcripción inversa con Oligo dT Primer
A diferencia del cebador aleatorio, el cebador oligo dT no es adecuado para el ARN degradado o el ARN que carece de colas poli(A), incluido el ARN procariótico y el microARN.
¿Cuáles son las similitudes entre los cebadores aleatorios y Oligo dT?
- El cebador aleatorio y el cebador oligo dT son dos tipos de cebadores que se utilizan en la transcripción inversa y en la producción de ADNc.
- Usar el cebador aleatorio y el cebador oligo dT juntos aumenta la sensibilidad de la síntesis de ADNc.
- Son secuencias de nucleótidos cortas monocatenarias.
¿Cuál es la diferencia entre los cebadores aleatorios y Oligo dT?
El cebador aleatorio es una secuencia de oligonucleótidos corta compuesta por una secuencia aleatoria. Mientras tanto, el cebador oligo dT es una hebra corta compuesta de 12 a 18 desoxitimidinas. Entonces, esta es la diferencia clave entre los cebadores aleatorios y los oligo dT. La secuencia del cebador aleatorio es 5´ – d (NNNNNN) –3´ N=G, A, T o C. Mientras que la secuencia del cebador oligo dT es 5´-d (TTT TTT TTT TTT TTT TTT)-3´. Por lo tanto, podemos considerar esto como otra diferencia entre los cebadores aleatorios y los oligo dT.
Además, los cebadores aleatorios no muestran especificidad de plantilla y se hibridan con cualquier especie de ARN, mientras que los cebadores oligo dT muestran especificidad por colas poli(A) de ARNm eucariótico.
La siguiente infografía resume la diferencia entre cebadores aleatorios y oligo dT.
Resumen: cebadores aleatorios frente a Oligo dT
El cebador aleatorio y el cebador oligo dT son dos tipos de cebadores utilizados en la síntesis de ADNc. El cebador aleatorio consta de una mezcla de oligonucleótidos, que representan todas las secuencias de hexámeros posibles, mientras que el cebador oligo dT es una secuencia monocatenaria de 12 a 18 desoxitimidinas. Entonces, esta es la diferencia clave entre los cebadores aleatorios y los oligo dT. Además, los cebadores oligo dT son útiles para la transcripción inversa completa de ARN con cola poli(A), mientras que los cebadores aleatorios son útiles para la transcripción inversa de la mayoría de las especies de ARN, incluido el ARN degradado, el ARN que carece de colas poli(A) y el ARN que contiene estructuras secundarias. Por lo tanto, el cebador aleatorio no muestra especificidad de plantilla, mientras que el cebador oligo dT muestra especificidad hacia la cola de poli(A) que contiene ARNm eucariótico.
