Diferencia clave: exoma frente a secuenciación de ARN
La secuenciación de ácidos nucleicos es la técnica que determina el orden de los nucleótidos en un fragmento particular de ADN o ARN de un organismo. La secuenciación es importante para identificar la composición de ADN y ARN de la célula y distinguir ciertos genes que codifican proteínas funcionales; por lo tanto, la secuenciación se puede utilizar para comprender las mutaciones de estos genes y las expresiones génicas. El método de secuenciación de Sanger o los métodos de secuenciación de próxima generación más avanzados son los métodos de secuenciación que se utilizan comúnmente. La secuenciación del exoma es la secuenciación del conjunto completo de exones o regiones codificantes de ADN presentes en un organismo, mientras que la secuenciación del ARN es el procedimiento de secuenciación de los ácidos ribonucleicos (ARN). Esta es la diferencia clave entre la secuenciación del exoma y del ARN.
¿Qué es la secuenciación del exoma?
El exoma es un subconjunto del genoma que consta de los genes codificantes de un organismo en particular. Los genes codificantes se nombran como exones y se transcriben en ARNm y luego se traducen en secuencias de aminoácidos. Durante las modificaciones posteriores a la transcripción, el mecanismo de empalme del ARN en los eucariotas elimina los intrones (regiones no codificantes) y los exones permanecen. Hay dos técnicas principales en las que se realiza la secuenciación del exoma: basada en soluciones y basada en matrices.
En la secuenciación del exoma basada en solución, las muestras de ADN se fragmentan utilizando enzimas de restricción o métodos mecánicos y se desnaturalizan con calor. En esta técnica, se utilizan sondas de oligonucleótidos biotinilados (cebos) para hibridar selectivamente con regiones diana en el genoma. Se utilizan perlas magnéticas de estreptavidina para el paso de unión. A la unión le sigue un paso de lavado en el que las secuencias no unidas y no dirigidas se eliminan por lavado. Los objetivos unidos luego se amplifican usando la reacción en cadena de la polimerasa (PCR) y luego se secuencian usando la secuenciación de Sanger o las técnicas de secuenciación de próxima generación.
Figura 01: Secuenciación del exoma
El método basado en matrices también es similar al método basado en soluciones, excepto que los fragmentos de ADN se capturan en una micromatriz, y luego siguen los pasos de unión y lavado antes de ser secuenciados.
La secuenciación del exoma se utiliza en muchas aplicaciones, como el diagnóstico genético de enfermedades, en la terapia génica, en la identificación de nuevos marcadores genéticos, en la agricultura para identificar diversas características agronómicas beneficiosas y en los procedimientos de fitomejoramiento.
¿Qué es la secuenciación de ARN?
La secuenciación del ARN se basa en el transcriptoma, que son las transcripciones completas de la célula. Los objetivos clave de la secuenciación de ARN son catalogar todas las especies del transcrito, incluido el ARNm, el ARN no codificante y el ARN pequeño, para determinar la estructura transcripcional de los genes y cuantificar los niveles de expresión de cada transcrito durante el desarrollo. Durante la secuenciación del ARN, las tecnologías de hibridación (que eran ADN complementario derivado de secuencias de ARNm maduras) se utilizaron inicialmente para la secuenciación. En la actualidad, se utiliza una técnica de rendimiento más precisa y avanzada para la secuenciación del ARN.
Figura 02: Secuenciación de ARN
En la secuenciación de ARN, una muestra de ARN que puede ser ARN total o ARN fraccionado se convierte en su ADN complementario (ADNc) mediante transcripción inversa y se prepara una biblioteca de ADNc. Cada fragmento de ADNc se une a adaptadores en ambos lados (secuenciación de extremo de par) o en un lado (secuenciación de extremo único). Estas secuencias etiquetadas se secuencian utilizando la secuenciación de Sanger o la próxima generación, como la secuenciación del exoma.
¿Cuáles son las similitudes entre el exoma y la secuenciación del ARN?
- Se pueden usar fragmentos cortos seleccionados o el conjunto completo de ADN/ARN para la secuenciación de Exoma o ARN.
- Los fragmentos secuenciados se conservan en bibliotecas.
- Se puede utilizar la secuenciación de Sanger o la secuenciación de próxima generación.
- Ambos son métodos de secuenciación in vitro.
- Los fragmentos secuenciados se pueden determinar mediante etiquetas fluorescentes.
¿Cuál es la diferencia entre la secuenciación del exoma y del ARN?
Exoma frente a secuenciación de ARN |
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| La secuenciación del exoma es la secuenciación del conjunto completo de exones o regiones codificantes del ADN presentes en un organismo. | La secuenciación de ARN se refiere al procedimiento de secuenciación de ácidos ribonucleicos (ARN); el transcriptoma. |
| Muestra inicial | |
| El ADN genómico es la muestra inicial de la secuenciación del exoma. | El ARN es la muestra inicial de la secuenciación del ARN. |
| Composición | |
| Esto contiene solo regiones codificantes del ADN total conocidas como exones | Esto contiene ARN-ARNm / transcriptoma. |
| Secuenciación | |
| Hay dos métodos principales de secuenciación del exoma; tecnologías basadas en soluciones y matrices. | La secuenciación del ARN se realiza mediante la preparación de una biblioteca de ADNc extrayendo el ARN total o el ARN fragmentado. |
Resumen: exoma frente a secuenciación de ARN
Exoma es el conjunto completo de regiones codificantes de un organismo y las técnicas involucradas en la determinación del orden exacto de nucleótidos de Exoma se conocen como secuenciación del exoma. La secuenciación del ARN es la técnica implicada en la determinación del orden de los nucleótidos del ARN de un organismo. Esta es la diferencia entre la secuenciación del exoma y del ARN.
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